Sejarah beridinya SMP SIMANJAYA tidak terlepas dari perjalanan panjang Pondok Pesantren Al-Fattah Siman Sekaran Lamongan. Pondok Pesantren Al-Fattah berdiri sejak September tahun 1941 oleh al-maghfurlah KH. Abdul Fattah, pada mulanya pendidikan yang dikembangkan adalah pendidikan keagamaan ansich dengan sistem pendidikan pondok pesantren salaf. Namun demikian pada masa agresi militer Belanda dan masa revolosi perkerakan G30S/PKI, keluarga besar Pondok Pesantren AL-Fattah terlibat secara aktif dalam perjuangan Indonesia. Hal ini disebabkan bahwa doktrin hubbul wathan min al-iman merupakan salah satu pilar yang terus dijaga dan dilestarikan, sekaligus sebagai bukti bahwa eksistensi Pondok Pesantren harus menjadi pelopor dalam perkembangan dan kemajuan masyarakat muslim Indonesia.
Terbukti sudah bahwa nilai-nilai yang dikembangkan melalui sistem pendidikan pondok pesantren memiliki keunggulan dalam membentuk kepribadian tangguh, dan inilah kelebihan yang perlu dilestarikan. Di satu sisi sistem pendidikan formal atau persekolahan saat itu sedang dikembangkan oleh Negara dan akan menjadi satu sistem pendidikan nasional, pada saatnya nanti akan menjangkau seluruh masyarakat. Bagaimanapun karakteristik persekolahan berbeda dari sistem pesantren dengan kelebihan dan kekurangannya. Agar misi Pondok Pesantren Al-Fattah dapat menjangkau lebih luas, tidak hanya dalam sistem pesantren saja, tetapi juga dapat menjadi bagian dalam sistem pendidikan nasional melalui sekolah dan madrasah. Upaya yang dilakukan adalah dengan memberikan materi keagamaan khusus, penanaman dan pembiasaan nilai-nilai spiritual serta semaksimal mungkin melaksanakan pendidikan dalam sistem asrama. Sehingga seyogjanya semua siswa atau mahasiswa di sekolah atau madarasah yang diselenggarakan berasrama, demikian juga tenaga pendidik dan kependidikan. Hal ini juga disebabkan secara empiris bahwa sistem asrama lebih menjamin efektifitas dalam mencapai tujuan pendidikan. Dan inilah salah satu alasan di dirikannya Pondok Pesantren Al-Fattah.
SMP SIMANJAYA adalah salah satu unit pendidikan yang berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Al-Fattah di samping lembaga pendidikan formal sekolah dan Madrasah yang didirikannya. Lembaga pendidikan yang dikelola oleh Yayasan Pondok Pesantren Al-Fattah, mulai dari pendidikan Taman Kanak-Kanak, pendidikan dasar dan menengah serta pendidikan tinggi, serta lembaga pendidikan non formal lainnya, yaitu Pondok Pesantren, majlis ta’lim, dan kegiatan-kegiatan pemberdayaan masyarakat.
